Κύριος σκοπός του Συνδέσμου είναι η προάσπιση των επαγγελματικών συμφερόντων των μελών του.  Ο ΣΦΕΚ με μια φωνή διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην δημιουργία κατάλληλων συνθηκών για την εφαρμογή της υφιστάμενης νομοθεσίας για τα φάρμακα, την προστασία της πνευματικής ιδιοκτησίας και την εξασφάλιση της ποιότητας, αποτελεσματικότητας και ασφάλειας των φαρμακευτικών προϊόντων.

Στόχος του ΣΦΕΚ είναι να υποδείξει την 'αξία' του φαρμάκου και να προσφέρει την καλύτερη ιατρική περίθαλψη και τις πιο πρόσφατες θεραπείες προς όφελος των ασθενών.

Ο ρόλος του ΣΦΕΚ είναι η διαμόρφωση κλίματος συνεργασίας με όλους τους εμπλεκόμενους φορείς - το Υπουργείο Υγείας, τις Ιατρικές Υπηρεσίες, τους διαφόρους Συνδέσμους Ασθενών, τους Ιατρούς και Φαρμακοποιούς και η προώθηση συνθηκών που θα οδηγήσουν στην καλυτέρευση του επιπέδου υγείας στο νησί.